Krigsåren och anpassningen till fredstid: utrikesförvaltningen under kristiden
Andra världskrigets utbrott och vinterkriget
Andra världskrigets utbrott och det faktum att Finland drogs med i kriget uppställde större krav även på Finlands utrikesförvaltning. Utöver de egentliga diplomatiska förhandlingarna skulle utrikesförvaltningen ansvara för representationernas informationsverksamhet och informationsinsamling samt sköta de kommersiella förbindelserna under rådande exceptionella förhållanden. Under de svåra krigsåren var utrikesförvaltningen tvungen att kontinuerligt försöka anpassa sig till snabbt ändrande förhållanden.
Andra världskriget påverkade naturligtvis även de finska legationernas verksamhet i stationeringsländerna. Till exempel Finlands legationer i Moskva och Warszawa lämnades under dramatiska förhållanden. Under vinterkriget hölls antalet representationer fortfarande relativt stabilt, men deras personalantal och arbetsuppgifter ökade märkbart. Vinterkriget innebar att Finland för ett tid hamnade i hela världens blickfång och många utländska reportrar anlände till Helsingfors.
Det ökade intresset för Finland på grund av vinterkriget återspeglades direkt i de finska representationernas verksamhet.
Till exempel korrespondensen vid Finlands legation i Washington mångdubblades och man blev även tvungen att anskaffa en ny telefonväxel till legationen till följd av den kraftigt ökade telefontrafiken.
Efter vinterkrigets slut avmattades dock småningom intresset för Finland.
Representationerna och utrikesministeriet under krigstidens påfrestningar
Andra världskriget försvårade den finländska utrikesrepresentationens verksamhetsförutsättningar betydligt. Finlands representationer i de sovjetockuperade baltiska länderna måste stängas sommaren 1940. Samma öde mötte även representationerna i de tyskockuperade Nederländerna, Belgien och Norge. Finlands representationsnät blev emellertid inte endast glesare under andra världskriget, till exempel i augusti 1940 inrättades en ny legation i Ankara i Turkiet. Det neutrala Turkiet uppnådde en betydande ställning som ett centrum för det krigförande Europas diplomatiska verksamhet.
Finland krigade mot Sovjetunionen som var på de allierades sida, och de diplomatiska förbindelserna med Storbritannien bröts redan i juli 1941. Finlands och Förenta staternas diplomatiska förbindelser höll ända till sommaren 1944. Finlands legation i Stockholm blev en särskilt betydande verksamhetsort för landet. Stockholm var i central ställning vid fredssträvandena under både vinter- och fortsättningskriget.
Anpassningen till fredstid och ökad stabilitet
Då vapenstille-ståndsavtalet trädde i kraft hösten 1944 glesnade Finlands representationsnät ytterligare, eftersom Finland enligt avtalet skulle bryta sina förbindelser med Tyskland och dess allierade. Finlands utlandsrepresentation började småningom normaliseras efter krigsslutet. Under 1945 utnämndes Finlands representanter till Moskva, London, Washington och Paris.
Förutom förlorade områden innebar vapenstilleståndsavtalet bl.a. krigsskadestånd till Sovjetunionen. De allierades kontrollkommission anlände för att övervaka verkställandet av vapenstilleståndsavtalet. För fullgörande av skyldigheterna i vapenstilleståndsavtalet inrättades en tillfällig avdelning (s.k. B-avdelning) vid utrikesministeriet. Avdelningen leddes av utrikesminister Carl Enckell personligen. Då fredsavtalet i Paris trädde i kraft hösten 1947 avskaffades avdelningen och kontrollkommissionen lämnade Finland.
Fredsavtalet i Paris befäste Finlands internationella ställning. Som grund för Finlands och Sovjetunionens inbördes relationer ingicks i april 1948 en vänskaps-, samarbets- och biståndspakt (VSB-pakten).