Afrikan sarven ja itäisen Afrikan yksikkö vastaa Suomen suhteista vastuualueen maihin, alueellisiin järjestöihin ja alueella toimiviin muihin yhteistyöelimiin. Yksikkö vastaa myös Suomen ja EU:n Afrikka-politiikkaan liittyvistä yleisistä ja mantereenlaajuisista kysymyksistä.

Yksikön tehtäviin kuuluvat:

• Suomen tavoitteiden, toimintalinjausten ja kantojen valmistelu ja koordinointi poliittisissa, kauppapoliittisissa ja kaupallisissa asioissa sekä kehityspoliittisissa asioissa, jotka kattavat Suomen suhteet alueen maiden, niiden välisten alueellisten järjestöjen ja muiden yhteistyöelinten ja – prosessien kanssa;
• kehitysyhteistyön tavoitteiden määrittely, ohjelmien ja hankkeiden valmistelu, niiden esittely ja käsittely ministeriön sisäisessä koordinaatiojärjestelmässä sekä niiden hallinto ja valvonta;
• valtio- ja ministerivierailut alueelle ja alueelta Suomeen, yhteydenpito alueen maiden kanssa, mm. kahdenväliset konsultaatiot, viennin edistäminen, kehitysyhteistyön osalta ns. yhteistyöohjelmaneuvottelut ja avunantajakokoukset;
• kannanottojen valmistelu ja Suomen edustaminen aluetta käsittelevissä EU:n työryhmissä ja komiteoissa; alueella olevan Suomen edustustoverkoston kehittäminen ja sen toiminnan ohjaaminen keinoina mm. aluekokoukset, edustustopäälliköiden toimintasuunnitelmien arviointi ja heidän kanssa käytävät ns. vuosikeskustelut, edustustojen vuosisuunnitelmien arviointi;
• koordinointi ministeriön muiden osastojen, erityisesti poliittisen, taloudellisten ulkosuhteiden sekä kehityspoliittisen osaston kanssa sekä tarvittaessa muun valtionhallinnon kanssa aluetta koskevissa asioissa;
• yleiset Suomen ja EU:n Afrikka-politiikkaan liittyvät kysymykset ja niihin liittyvä YUTP-kannanmuodostus;
• mantereenlaajuiset horisontaaliset kysymykset, kuten rauha ja turvallisuus, muuttoliike, ilmastokysymykset, radikalisaatio, yleiset kehityskysymykset;
• alueelliset järjestöt: Afrikan unioni (AU), Afrikan talousyhteisö (EAC), Afrikan sarven alueellinen yhteistyöjärjestö (IGAD).